Después de la rápida campaña de Nueva Orleans, las siguientes ordenes que recibió Farragut fueron las de hacer completamente libre de navegación el Mississippí.

El compañero de Farragut, C. H. Davis, se había adueñado con su escuadra de la parte Norte del Mississippí y se encontraba de estación en la parte alta del río. El Bajo-Mississippí era de nuestro Comandante, pero una fortaleza irreductible, la de Vicksburg, separaba ahora las dos escuadras nordistas. Farragut debería pasar por delante de las formidables baterías costeras de la ciudad y unirse a la flota del Norte para reforzarla y operar conjuntamente.

El 28 de Junio de 1862, a las 3 de la mañana, mientras el Capitán Porter con 6 cañoneras y 16 bombardas cubría de proyectiles las obras en avanzada que defendían esta plaza, Farragut remontó el río con 5 corbetas y 6 cañoneras, todas totalmente desprovistas de coraza, bajo el fuego de las baterías que montaba la orilla izquierda; 3 cañoneras tuvieron que regresar a medio camino, pero los restantes barcos forzaron el paso contestando al fuego sudista y logrando reunirse con la escuadra de Davis en el Norte.

Habían transcurrido tres semanas y los navíos de Farragut se encontraban en una inactividad forzada, debida en parte al alejamiento de las tropas que le habían ordenado secundar, cuando un navío acorazado, el "Arkansas", construido por los confederados sobre uno de los afluentes del Mississippí, les atacó súbitamente el 15 de julio; sin haberles logrado causar ningún daño descendió el blindado en ayuda de Vicksburg. Farragut se dio cuenta, no obstante, del peligro considerable que este nuevo adversario representaba para sus compatriotas del Bajo-Mississippí, por lo que fuerza nuevamente el paso de Vicksburg y persigue al "Arkansas" hasta sus últimos refugios. El 5 de agosto, el "Arkansas" tiene un grave encuentro con el navío federal "Essex", el cual le produce graves averías en las máquinas, incendiándose cerca de Baton-Rouge.

Las operaciones continúan y los navíos de Farragut, en el Golfo de México, secundan de la manera más activa a las tropas de la Unión que operan en aquella zona. Pero, a finales del año 1862, la marina federal sufre su primer desastre por efecto de los torpedos enemigos: el 12 de diciembre, 4 de sus cañoneras regresaban de atacar una batería confederada sobre la ribera del Yazoo, cuando una de ellas, la "Cairo", se encontró con uno de estos artefactos submarinos que navegaba entre dos aguas; fue desfondada por la explosión que produjo el choque y se hundió antes de cinco minutos.

Las operaciones fluviales entorno a Vicksburg continuaban en el año 1863 sin que esta localidad hubiera caído aún en manos de la Unión, pese al intento de toma que se realizara, con la ayuda de la flota de Farragut, por parte de un ejército de 30.000 hombres el 29 de Diciembre de 1862.

En este nuevo año de guerra, Farragut es ascendido a Contraalmirante en recompensa por su acción de Nueva Orleans; él, por su parte, continua sus operaciones remontando las riberas entre Vicksburg y Baton Rouge, destruyendo las pequeñas baterías confederadas, cañoneando las que vuelven a levantar y transportando y protegiendo en todas sus costas las tropas propias. Los sudistas, por su parte, no están tampoco inactivos: no solamente han acrecentado este año en mucho las defensas de Vicksburg sino que sobre el punto del bajo Mississippí, Port-Hudson, están levantado una nueva y redoblada fortaleza que les permitirá el dominio de toda la parte del gran río comprometida entre estas dos plazas. Es entonces cuando el Gabinete de Washington decide que el General Banks, con un pequeño ejército, y el Contralmirante Farragut, con los navíos de que dispone, tomen la nueva fortaleza confederada.

El 14 de marzo de 1863, a las 11 de la noche, mientras que 6 bombardas protegidas por la fragata "Essex" lanzan sus proyectiles sobre Port-Hudson, el ya Contraalmirante remonta el río e intenta forzar el peligroso paso con 7 navíos de madera, 4 corbetas y 3 cañoneras, estas últimas amarradas a lo largo de las primeras y del lado menos expuesto al fuego enemigo. La corbeta de Farragut, la "Hartford", y la cañonera atada a su flanco, la "Albatros", consiguen atravesar el fuego de las baterías confederadas, pero los otros navíos deben renunciar después de haber sufrido un duro castigo; uno de ellos, la corbeta "Mississippí", encalló y fue incendiada por su propia tripulación. Banks, por su parte, no podía intentar nada serio ante la presencia de las formidables defensas del enemigo.

Sin tener en cuenta su aislamiento, Farragut remontó el río hasta Vicksburg. Informado de su situación en esta plaza, Porter da orden a 2 pequeños acorazados de su flotilla para que desciendan el Mississippí al encuentro de Farragut. Cuando lo intentan caen bajo el fuego de las baterías confederadas: uno de ellos fue acribillado largamente por los proyectiles y la metralla del enemigo; al otro, al "Switzerland", se le acabó el carbón de las calderas, pero ambos lograron por fin reunirse con la "Hartford" y la "Albatros" gracias a que estas les salieron al encuentro.