Mientras este combate sucedía, Farragut, que había escapado por los pelos del desastre, aún ajeno a los sucesos relatados, continuaba su navegación con rumbo a la desembocadura del Gran Río después de haber recibido del Ministro las instrucciones siguientes:

1º Forzar la entrada del Mississippí.

2º Desembarcar un Cuerpo de Ejército de 18.000 hombres mandado por el General Butler.

3º Apoderarse de Nueva Orleans.

Los barcos de Farragut descendieron por la costa este, rodearon la península de Florida y bordearon hasta colocarse enfrentados al delta del Mississippí. Al Capitán Porter, con su escuadra de 21 bombardas, le es encargada la misión de silenciar las 126 piezas de los fuertes Jackson y San Felipe, que controlaban la desembocadura fluvial.

Los sudistas habían colocado una barra que iba de rivera a rivera del Mississippí, y que interceptaba la entrada de cualquier embarcación no deseada cuya intención fuera remontar la corriente para internarse en su territorio; justamente la intención de Farragut. Porter, con mucho trabajo y al cabo de mucho tiempo, logró pasar la barra después de practicarla una brecha; las bombardas se deslizaron silenciosas a lo largo de 48 Kms. de orillas, ocultándose debajo del espeso follaje de los árboles, cuyas ramas colgaban sobre el agua. El 18 de abril abrieron un sorpresivo fuego, muy eficaz desde el principio, sobre ambos fuertes, tanto que los proyectiles que caían en el interior se hundían hasta seis y siete metros en el suelo blando, en el cual abrieron al estallar grandes y profundos hoyos.

El primer día arrojaron las bombardas unos 1.500 proyectiles sobre ambos fuertes, y continuaron el fuego noche y día sin descanso: se cuenta que de tal manera, que los artilleros al ser relevados caían de sueño al lado de sus morteros, sin que los disparos de estos fueran capaces de despertarlos. El bombardeo se mantuvo durante 5 días. En la noche del 23 al 24 de Abril, Farragut no esperó más y resolvió forzar el paso del río que daba a la bocana del puerto de la ciudad, cerrado a su vez con una cadena.

David Glasgow, con su buque almirante a la cabeza de su flota de madera compuesta de 5 navíos, entre fragatas y corbetas, y 12 cañoneras a vapor, formando en dos secciones y aprovechando la noche, logró forzar el paso y penetrar en el puerto donde se refugiaba la flotilla confederada que mandaba el Capitán Mitchell, y que se componía de 2 acorazados y de 11 navíos fluviales, blindados con placas de chapa y balas de algodón. Al paso de los buques de David los fuertes enemigos hicieron fuego rápido sobre ellos con toda su artillería, y varios vapores confederados, en especial el ariete acorazado "Manassas", ofrecieron resistencia con valor y arrojo; pero Farragut arremetió contra la flota enemiga sobre la marcha, a golpe de sus 300 cañones, apagando con sus andanadas el fuego de las fortalezas. Doce de los navíos sudistas, incluso el "Manassas", volaron, fueron echados a pique o vararon.

Destruida la escuadra fluvial confederada del Sur del Mississippí, Farragut intimó a Nueva Orleans a la rendición. El General Lowell, que mandaba las fuerzas sudistas de tierra, viéndolo todo perdido había abandonado la plaza hacia tiempo, y el alcalde de la ciudad se negó a izar la bandera de la Unión. Entonces Farragut hizo entrar un destacamento de tropas mandado por dos oficiales de su escuadra con orden de izar su pabellón, lo que cumplieron entre las maldiciones e imprecaciones de la multitud excitada; la cual, apenas se hubieron alejado los militares, arrancó la bandera de la Unión y la arrastró por el lodo.