De 1828 a 1834 sirvió David en el destacamento de la Armada Estadounidense en el Brasil. En este año último año, Farragut es trasladado como Comandante a la chalupa de guerra "Natchez", con base en Norfolk, en la que asciende al rango de Capitán de Navío en 1837 transbordando al "Erie" desde el que presenció la captura por los franceses del castillo de San Juan de Ulloa, en Veracruz, en el año 1838

Después de siete años de delicada salud, Susana, su esposa, muere el 26 de diciembre de 1840.

A comienzos del año siguiente, Farragut es destinado a Washington para cooperar en la redacción de un Libro de Ordenanzas para la "Navy", en cuyo trabajo estuvo ocupado dieciocho meses tras los cuales fue otra vez destacado al Brasil, hasta 1843 en que pasa al "Norfolk Navy Yard" (Astilleros de la Armada en Norfolk).

En diciembre de 1843 contrae segundas nupcias con Virginia Loyall, también de Norfolk, de cuyo matrimonio nació su único hijo, Loyall Farragut. Ese mismo año se le asignó el mando de la corbeta "Ducatur", y en abril de 1844 del navío "Pensilvania".

Durante la Guerra de México, 1846-1848 mandó el "Saratoga", que operó en el golfo, pero que no intervino en el ataque contra Veracruz. En su lugar se le envió a bloquear Tuxpan, pasando cinco meses y medio en esa misión sin que ocurriera nada. El único enemigo contra el que tuvo que luchar fue la fiebre amarilla, que estuvo a punto de serle fatal

En 1851 se le destina a un puesto burocrático en Washington, Inspector de Ordenanza bajo el mando del Comodoro J. Kinner;  tres años después, en 1854, se le encarga colaborar en la creación de un Arsenal para la Marina en la Costa Oeste, en Mare Island, cerca de la ciudad de San Francisco, en California; interviene en su fundación y allí permanece hasta el año 1858.

En 1855 había ascendido a Capitán de escuadra, y en el año que cesa en el mando del Arsenal de San Francisco se le destina a la Base Naval de Norfolk, como Comandante en jefe de una de las escuadras allí fondeadas; pasando dicha base a las ordenes del Comodoro M. Cluney, se le comisiona Capitán de la fragata de vapor "Brookling", de 25 cañones; en 1860 es Comodoro en funciones