Con Fernando I el Católico se realiza la unidad de España, y a partir de aquí la primera agresión de importancia que sufre la Isla (en Septiembre de 1535) es la que realiza Barbarroja (Chairadín o Haradín), celebre corsario que se había hecho dueño del Mediterráneo protegido por Solimán II que, ansioso de venganza por el desastre sufrido por el Turco en Túnez, puso sus ojos en Menorca como respuesta, estimándola segura presa.

Barbarroja, como Alfonso III, entra con su escuadra en el puerto de Mahón, la forman 2500 turcos y treinta velas que enarbolan engañosamente bandera del rey de España. Desembarca en Pont del Rey y, después de una enérgica defensa de los mahoneses, la villa es traicionada por los comisionados que nombra para pactar con Barbarroja, que la entregan con tal de salvar sus vidas y haciendas. Porque no ignoran el saqueo y matanza que ha de tener lugar, ya que aceptan diez flechas con que señalar diez casas que han de ser respetadas por los corsarios.

Consumado el desastre y abandonada, después de éste, la isla por Barbarroja, alcanzamos el reinado de Felipe II. Es este Rey el que ordena la construcción del Fuerte de San Felipe que tanto había de servir después a los sucesivos dominadores franceses e ingleses, singularmente a estos últimos.

En el año 1558, Menorca es nuevamente objeto de los ataques del Turco. Enemistada España con Francia y algunos estados italianos, procura Enrique II aliarse con los otomanos, a cuya unión parece que dio su consentimiento Pablo IV.

Con objeto de distraer las tropas del monarca español se decide enviar una expedición contra Menorca.

El 29 de Junio de 1558 avista la plaza de Mahón la flota enemiga compuesta por 15.000 turcos y 150 velas y mandada por Mustafa Piale, almirante de Selím II. Se hace fuego contra la escuadra y, al ser echadas a pique por los certeros disparos de la Fortaleza tres o cuatro galeras, retíranse los turcos, que por el norte se dirigen a Ciudadela. El 2 de Julio desembarcan su tren de sitio en los aledaños de ésta ciudad, estableciendo el cerco de la misma que se encuentra casi entregada a sus propias fuerzas, ya que, del resto de la isla, son  muy pocos los que acuden para su defensa a pesar de las insistentes llamadas de auxilio de los ciudadelanos.

Ciudadela es tomada a viva fuerza el día 9 después de agotar todos sus medios de resistencia, siendo muy pocos de sus defensores los que se salvan de la matanza o la cautividad.